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怎样实现跨物种基因组特征的快速迁移学习?

2025-09-05 1.8 K

跨域知识迁移的技术路线

利用Evo 2的OpenGenome2数据集实现跨物种建模:

  1. 基础准备
    • 下载包含300+物种的OpenGenome2.jsonl数据集
    • 安装Savanna框架:pip install savanna-core
  2. 微调策略
    • 冻结底层参数:freeze_layers: [0-25]
    • 调整学习率:lr=5e-5
    • 配置物种分类头:
      cross_attention_heads: 8
  3. 验证方法
    • 使用K-fold交叉验证(建议k=5)
    • 计算域适应指数DAI>0.85即判定迁移成功

典型应用:将人类基因组训练的BRCA1知识迁移至小鼠模型时,建议采用渐进式解冻策略(从顶层开始每10epoch解冻5层)

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