微生物基因设计的全流程方案
针对微生物工程的特殊需求,可按以下步骤实现定制化DNA设计:
- 物种适配:在输入prompt中加入特定微生物标识符,如
"[E.coli]ACGT"
会引导模型生成大肠杆菌偏好性密码子
- 功能约束:通过添加注释引导设计:
"[promoter:strong][CDS]ATG"
可确保生成带强启动子的编码序列
- 物性优化:结合以下参数控制生成结果:
gc_content=0.55
调节GC比例repeat_threshold=3
避免重复序列
典型案例:设计枯草芽孢杆菌分泌蛋白时,建议先使用model.score_sequences()
评估200条候选序列,再选择top5进行后续实验验证
本答案来源于文章《Evo2:支持基因组建模与设计的开源生物AI工具》