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在微生物工程场景中如何应用Evo2设计新型DNA序列?

2025-09-05 1.8 K

微生物基因设计的全流程方案

针对微生物工程的特殊需求,可按以下步骤实现定制化DNA设计:

  • 物种适配:在输入prompt中加入特定微生物标识符,如
    "[E.coli]ACGT"

    会引导模型生成大肠杆菌偏好性密码子

  • 功能约束:通过添加注释引导设计:
    "[promoter:strong][CDS]ATG"

    可确保生成带强启动子的编码序列

  • 物性优化:结合以下参数控制生成结果:
    • gc_content=0.55调节GC比例
    • repeat_threshold=3避免重复序列

典型案例:设计枯草芽孢杆菌分泌蛋白时,建议先使用model.score_sequences()评估200条候选序列,再选择top5进行后续实验验证

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