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SciToolAgent在分子建模分析场景下的具体操作流程是怎样的?

2025-08-30 1.4 K

分子建模全流程操作指南

当需要分析分子结构时,SciToolAgent可自动化执行从数据准备到结果输出的完整流程:

步骤一:数据准备

  • 将分子结构文件(支持.cif/.pdb等格式)放入tools/DataFiles目录
  • 确保文件命名规范且不包含特殊字符

步骤二:任务执行

方法1:通过命令行调用
python scripts/run_agent.py --input "tools/DataFiles/molecule.cif" --task "分子结构分析"

方法2:通过API编程调用
from tools.ToolsFuns import molecular_analysis
result = molecular_analysis("tools/DataFiles/input_file.cif")
print(result)

步骤三:结果获取

  • 计算结果自动保存在tools/TempFiles目录
  • 典型输出包括:分子参数表、3D结构图、电子密度分布图等
  • 系统会生成MD5校验码确保结果完整性

高级功能

通过修改task参数可实现:分子动力学模拟(–task “MD模拟”)、对接分析(–task “分子对接”)、量子化学计算(–task “DFT计算”)等专业分析。复杂任务建议分配至少32GB内存。

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