分子建模全流程操作指南
当需要分析分子结构时,SciToolAgent可自动化执行从数据准备到结果输出的完整流程:
步骤一:数据准备
- 将分子结构文件(支持.cif/.pdb等格式)放入
tools/DataFiles
diretório (no disco rígido do computador) - 确保文件命名规范且不包含特殊字符
步骤二:任务执行
方法1:通过命令行调用python scripts/run_agent.py --input "tools/DataFiles/molecule.cif" --task "分子结构分析"
方法2:通过API编程调用from tools.ToolsFuns import molecular_analysis
result = molecular_analysis("tools/DataFiles/input_file.cif")
print(result)
步骤三:结果获取
- 计算结果自动保存在
tools/TempFiles
diretório (no disco rígido do computador) - 典型输出包括:分子参数表、3D结构图、电子密度分布图等
- 系统会生成MD5校验码确保结果完整性
Recursos avançados
通过修改task参数可实现:分子动力学模拟(–task “MD模拟”)、对接分析(–task “分子对接”)、量子化学计算(–task “DFT计算”)等专业分析。复杂任务建议分配至少32GB内存。
Essa resposta foi extraída do artigoSciToolAgent: uma inteligência que integra mais de 500 ferramentas de pesquisa para automatizar tarefas científicas e de pesquisaO