Embora o Evo 2 ofereça suporte ao processamento de sequências de DNA muito longas, os seguintes pontos devem ser observados para um desempenho ideal:
Configuração de hardware:
- Modelo paramétrico 40B recomendado (requer suporte a várias GPUs)
- A memória gráfica precisa ser grande o suficiente, recomendando-se que não seja inferior a 40 GB por GPU
Estratégias de otimização:
- fragmentaçãoSequência de blocos: divide a sequência em vários blocos a serem processados sequencialmente
- estímulo do professorUso da tecnologia de solicitação do professor para aumentar a eficiência
- Temperatura mais baixaReduzir a carga computacional e produzir resultados mais estáveis
Monitoramento de desempenho:
- fazer uso de
nvidia-smiMonitorar o uso da GPU - Verificação do status de alocação de várias GPUs da estrutura do Vortex
Observe que a propagação direta de sequências longas atualmente consome muito tempo, e é recomendável testá-la em um ambiente que não seja de produção antes de realizar cálculos em grande escala.
Essa resposta foi extraída do artigoEvo2: uma ferramenta de bioinformática de código aberto para apoiar a modelagem e o design de genomasO
Não pode ser reproduzido sem permissão:Ferramentas de produtividade de IA " Do que preciso estar ciente quando o Evo 2 processa sequências de até 1 milhão de bases?
