Durch die Installation des Obsidian-Plugins und die Konfiguration des API-Schlüssels kann Cubox gespeicherte Webinhalte mit hervorgehobenen Notizen in das Markdown-Format konvertieren und automatisch mit einem bestimmten Repository synchronisieren. Benutzer können Synchronisationsregeln definieren, z.B. dass nur mit einem roten Stern markierte Inhalte oder Snippets unter bestimmten Tags übertragen werden. Diese tiefe Integration macht Cubox zu einem Front-End-Sammelwerkzeug für das Wissensmanagement und Obsidian zu einem Back-End-Verarbeitungssystem. So entsteht ein geschlossener Kreislauf von der Informationssammlung bis zur Wissensausgabe, der sich besonders für Praktiker der Zettelkasten-Methode eignet.
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