長いシーケンスを処理する際のメモリ・オーバーフロー問題を克服するには？

2025-09-05

2.0 K

メガ塩基配列の安定化

100万塩基以上の非常に長い配列を扱う場合は、分割圧縮処理戦略を推奨する：

ハードウェア層の最適化::
- NVIDIAのFlashAttention-2を有効にする。configs/model.yamlセットアップ
```
use_flash_attn: true
```
  )
- グラデーションチェックポイントを設定する：gradient_checkpointing: true
アルゴリズムによるレイヤー最適化::
- スライディングウィンドウ法（設定chunk_size=50000)
- メモリ再利用モードを有効にする：enable_memory_efficient=True
データ層の最適化::
- 利用するZarr圧縮されたシーケンスデータの保存形式
- プレランpython -m evo2.utils.preprocess --compressシーケンス圧縮の実行

緊急の解決策：CUDAのメモリ不足エラーが発生したら、直ちにtorch.cuda.empty_cache()ビデオメモリをクリーンアップする