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Evo 2はどのようにしてゼロサンプルのバリアント効果予測を可能にするのか?BRCA1を例に説明します。

2025-09-05 2.1 K

Evo 2のゼロサンプルのバリアント効果予測機能は、遺伝子バリアント効果を評価するための追加トレーニングを必要とせず、BRCA1遺伝子予測プロセスは以下の通りである:

予想ステップ

  1. データの準備参照配列とバリアント配列をリストに格納する
    ref_seqs = ["ATCG..."] # 参考序列
    var_seqs = ["ATGG..."] # 变体序列
  2. 業績予想::ref_scores = model.score_sequences(ref_seqs)
    var_scores = model.score_sequences(var_seqs)
    print(f"Reference score: {ref_scores}, Variant score: {var_scores}")

結果の解釈

出力には参照配列とバリアント配列の尤度値が含まれます。両者の差を比較することで

  • スコアが低いほど、そのバリアントは有害である可能性がある。
  • わずかな変化は中立的な変種を示す
  • 得点増加は機能獲得型変異体かもしれない

この機能は、特にがん関連遺伝子(BRCA1など)の病原性予測に応用でき、精密医療のための参照基盤を提供する。

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