分子建模全流程操作指南
当需要分析分子结构时，SciToolAgent可自动化执行从数据准备到结果输出的完整流程：
步骤一：数据准备
- 将分子结构文件（支持.cif/.pdb等格式）放入
tools/DataFilescatalogs - 确保文件命名规范且不包含特殊字符
步骤二：任务执行
方法1：通过命令行调用python scripts/run_agent.py --input "tools/DataFiles/molecule.cif" --task "分子结构分析"
方法2：通过API编程调用from tools.ToolsFuns import molecular_analysis
result = molecular_analysis("tools/DataFiles/input_file.cif")
print(result)
步骤三：结果获取
- 计算结果自动保存在
tools/TempFilescatalogs - 典型输出包括：分子参数表、3D结构图、电子密度分布图等
- 系统会生成MD5校验码确保结果完整性
Advanced Features
通过修改task参数可实现：分子动力学模拟（–task “MD模拟”）、对接分析（–task “分子对接”）、量子化学计算（–task “DFT计算”）等专业分析。复杂任务建议分配至少32GB内存。
This answer comes from the articleSciToolAgent: Integration of 500+ research tools and automation of research and scientific tasks for intelligent bodiesThe
May not be reproduced without permission:AI productivity tools " SciToolAgent在分子建模分析场景下的具体操作流程是怎样的？
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