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如何解决基因序列生成任务中的计算资源不足问题?

2025-09-05 1.8 K

优化计算资源配置的实用方案

针对Evo 2进行基因序列生成时可能遇到的计算资源挑战,可通过以下分级方案解决:

  • 硬件降级方案:使用7B参数模型替代40B模型(需降低生成序列精度要求),显存需求可从80GB降至16GB。具体操作时修改加载代码为model = Evo2('evo2_7b')
  • 云计算方案:通过NVIDIA BioNeMo云端平台调用计算资源,按需付费使用A100/V100 GPU实例。需注册NGC账户并配置Docker环境
  • 分布式计算方案:在多台配备RTX 3090的工作站上部署Vortex框架,修改configs/parallel.yamlhit the nail on the head
    num_gpus: 4

    参数实现多机并行

补充技巧:对于长序列生成,可采用chunking strategy,每次仅生成10k碱基片段后再拼接,通过n_tokens=10000参数控制输出长度

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